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Aislamiento y caracterización de retroelementos Gypsy y Copia del genoma de Deschampsia antarctica E. Desv (Poaceae)
Deschampsia antarctica es una de las dos especies de plantas vasculares nativas que habitan el Continente Antártico. Posee un tamaño genómico de 4,98 pg, más del 50% del mismo está conformado por ADN repetitivo. Este trabajo tiene como objetivo reconocer la diversidad y la abundancia de diferentes...
Deschampsia antarctica es una de las dos especies de plantas vasculares nativas que habitan el Continente Antártico. Posee un tamaño genómico de 4,98 pg, más del 50% del mismo está conformado por ADN repetitivo. Este trabajo tiene como objetivo reconocer la diversidad y la abundancia de diferentes tipos de elementos transponibles (ETs) en el genoma de D. antarctica. Poniendo énfasis en el análisis bioinformático, cuali y cuantitati vo, a partir de información genómica disponible de dominio público, rescatando información que permita analizar la distribución cromosómica de ETs en dos localidades antárticas. Se utilizaron secuencias de WGS de D. antarctica y se llevó a cabo la búsqueda y anotación de ADN repetitivo genómico total mediante el análisis de agrupamiento o clustering, utilizando RepeatExplorer/Galaxy. Este análisis bioinformático detectó que el ADN repetitivo representa alrededor del 74,8% del genoma nuclear de la especie,siendo los ETs la mayor fracción(49,96 %). Los retroelementos fueron los ETs más representados en el genoma de D. antarctica, la superfamilia Ty3-Gypsy es más abundante que Ty1-Copia (25,22% y 20,95%, respectivamente). Sin embargo, el análisis en el genoma de D. antarctica demostró que Ty1-Copia es más diversa que Ty3-Gypsy. Se detectaron 10 familias de retroelementos del orden LTR en base a dominios proteicos conservados: 6 pertenecientes a Ty1-Copia y 4 a Ty3-Gypsy. Las familias Angela, SIRE, TatV y Tekay son las más abundantes en el genoma de la especie estudiada. El patrón de distribución cromosómico mostró diferencias entre las distintas familias y las localidades analizadas. Por un lado, la superfamilia Ty1-Copia (Angela y SIRE), se encuentra distribuida a lo largo de todos los cromosomas en ambas localidades estudiadas de D. antarctica, presentando una disminución en la cantidad de señales de hibridación en las regiones proximales y centroméri cas. Además, Angela forma bloques de hibridación en regiones subterminales de algunos pares cromosómicos en la localidad 2775 que colocalizan con regiones de heterocromatina rica en AT y sitios enriquecidos en ADN satélite. Por otro lado, la superfamilia Ty3-Gypsy (TatV y Tekay) se encuentra distribuida a lo largo de todos los cromosomas en ambas localidades, presentando un aumento en la cantidad de señales de hibrida ción en regiones proximales y centroméricas. Una característica común es la ausencia de señales de hibridación en la región NOR. Este análisis de secuencias de retroelementos contribuye a la comprensión sobre la diversidad y distribución de ADN repetitivo en D. antarctica.
Physical Description:
105 h. con Anexos. maps.; tabls.; figs. Contiene Referencia Bibliográfica
